El crítico más importante de Castellano fue John Gotti, un capo con sede en Queens y un protegido de Dellacroce. Gotti era ambicioso y quería ser el propio jefe. También estaba enojado porque Castellano permitiera a la tripulación de DeMeo tratar narcóticos mientras le prohibía hacerlo. Gotti y sus hombres condujeron su tráfico de drogas en secreto. La acusación de Ruggiero de 1983 provenía de conversaciones telefónicas que agentes federales habían grabado en el teléfono de Gotti. Las conversaciones grabadas incluyeron a Ruggiero discutiendo el tráfico de drogas y expresando su desprecio por Castellano. Por ley, se permitió a los acusados transcripciones de estas conversaciones telefónicas para ayudar a su defensa. Castellano inmediatamente pidió copias para sí mismo. Dellacroce guardó las transcripciones de Castellano - el narcotráfico y el lenguaje irrespetuoso en las transcripciones habría dado la causa de Castellano para matar tanto a Ruggiero como a John Gotti. Por su parte, Dellacroce evitó que Gotti destituyera a Castellano, citando su promesa a Carlo Gambino.
El 2 de diciembre de 1985, Dellacroce murió de cáncer. Con Dellacroce desaparecido, Ruggiero ya no podía mantener las transcripciones incriminatorias lejos de Castellano. Gotti rápidamente se dio cuenta de que ahora era el mejor momento para asesinar a Castellano y tomar el poder. Él reclutó a tres ganadores importantes de su generación en la trama junto con Ruggiero: Capo Frank DeCicco y soldados Salvatore "Sammy el Toro" Gravano y Robert "DiB" DiBernardo. Para ganar el apoyo de veteranos de la familia, él reclutó a largo plazo el capitán Joseph "Joe Piney" Armone en la conspiración, que dató de nuevo en la historia de la familia a los hermanos Mangano.
En enero de 1986, John Gotti fue aclamado como el nuevo jefe de la familia. Gotti nombró a Frank DeCicco como underboss y promovió a Angelo Ruggiero y Sammy Gravano a capo. Gotti fue conocido como "The Dapper Don", conocido por sus trajes hechos a mano y los lazos de seda. A diferencia de sus colegas, Gotti hizo poco esfuerzo para ocultar sus conexiones con la mafia y estaba muy dispuesto a ofrecer interesantes sonidos a los medios de comunicación. Su casa en Howard Beach, Queens era frecuentemente vista en la televisión. Le gustaba celebrar reuniones con miembros de la familia mientras caminaba en lugares públicos para que los agentes de la ley no pudieran grabar las conversaciones. Uno de los vecinos de Gotti en Howard Beach era Joseph Massino, subalterno de la familia del crimen Bonanno. Gotti y Massino tenían una amistad de muchos años que se remonta a los años setenta, cuando eran conocidos como dos de los secuestradores de camiones más proficientes en Nueva York.
Los líderes de la mafia de otras familias se enfurecieron ante el asesinato de Castellano y desaprobaron el estilo de alto perfil de Gotti. El enemigo más fuerte de Gotti fue el jefe de la familia del crimen Genovese Vincent "Chin" Gigante, un antiguo aliado de Castellano. Gigante conspiró con el jefe Lucchese Anthony "Tony Ducks" Corallo para que Gotti muriera. Corallo entregó el contrato a dos de los mejores miembros de su familia, Vittorio "Vic" Amuso y Anthony "Gaspipe" Casso. El 13 de abril de 1986, mataron a DeCicco con una bomba de control remoto mientras estaba asistiendo a una reunión con otros capos. La bomba había sido diseñada para Gotti también, pero se saltó la reunión en el último minuto. DeCicco fue sucedido por Joseph "Joe Piney" Armone, pero solamente un año más adelante él fue condenado en cargas del racketeering junto con el consigliere de largo plazo Joseph N. Gallo.
Gotti fue juzgado tres veces por funcionarios federales y estatales, pero fue absuelto cada vez, ganándole el apodo de "The Teflon Don". Resultó que los juicios habían sido comprometidos por la intimidación de los testigos, la mala conducta del jurado y la manipulación del jurado. La extravagancia de Gotti, sin embargo, resultó ser su deshacer. El FBI había logrado atrapar un apartamento por encima de su cuartel general en el Ravenite Social Club en Little Italy, donde una anciana viuda permitir que los mafiosos celebrar reuniones de alto nivel. Gotti fue oído planeando actividades criminales y quejándose de sus subordinados. En particular, se quejó de Gravano, describiéndolo como un "perro loco" asesino. Gravano respondió volviendo la evidencia del estado y testificando contra Gotti y otros miembros de la familia. Gotti y consigliere Frank "Frankie Loc" LoCascio fueron condenados en todos los cargos el 2 de abril de 1992, en gran parte por la fuerza del testimonio de Gravano, y sentenciados a cadena perpetua sin libertad condicional.